小笠原追跡所は、1975年、東京都小笠原村に旧宇宙開発事業団の施設として設置されました。
小笠原諸島父島のほぼ中央、国立公園内にあり、美しい景観と環境の維持に配慮した施設です。
当追跡所は、種子島宇宙センターから打ち上げられたロケットの飛行経路や飛行状況の確認、および飛行安全の確保（異常飛行の監視など）を目的として、施設内に飛行中のロケットを電波で追尾する電波設備（精測レーダ設備、ロケットテレメータ受信設備など）が整備されています。
また、小笠原追跡所と種子島宇宙センターとは専用の回線で結ばれており、取得されたデータはリアルタイムで伝送されます。