第九条　機構の設立の際、第十八条第一項に規定する業務に関し、現に国が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、機構の成立の時において機構が承継する。

第十条　研究所及び事業団は、機構の成立の時において解散するものとし、次項の規定により国が承継する資産を除き、その一切の権利及び義務は、その時において機構が承継する。

第十一条　附則第九条第一項の規定により機構が国の有する権利及び義務を承継したときは、その承継の際、承継される権利に係る土地、建物その他の財産で政令で定めるものの価額の合計額に相当する金額は、政府から機構に出資されたものとする。

3　前条第一項の規定により機構が研究所の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、機構が承継する資産の価額（前条第八項の規定により読み替えられた旧研究所法第十五条第一項の規定による承認を受けた金額があるときは、当該金額に相当する金額を除く。）から負債の金額を差し引いた額は、政府から機構に出資されたものとする。

4　前条第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、国及び機構が承継する事業団に属する資産の価額の合計額から機構が承継する負債の金額を差し引いた額（当該差し引いた額が事業団の資本金の額を超えるときは、当該資本金の額に相当する金額）に、事業団に対する政府以外の者の出資額の割合を乗じて得た額は、当該政府以外の者から機構に出資されたものとする。

5　前条第一項の規定により機構が事業団の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、機構が承継する事業団に属する資産の価額から負債の金額を差し引いた額から、前項の規定により政府以外の者から機構に出資があったものとされた額を差し引いた額は、政府から機構に出資されたものとする。

6　第一項に規定する財産の価額及び前三項に規定する資産の価額は、機構の成立の日現在における時価を基準として評価委員が評価した価額とする。

• 研究開発費の使用分を欠損金として扱ったものを整理したことによる減
  （約△26,609億円）
• 国の機関である宇宙科学研究所の業務の承継による増（約227億円）
• 国への資産承継による減（約△20億円）
• 土地等の保有資産の時価評価による増（約106億円）